Il est né à Pau le 5 mars 1964, chanteur du groupe. Il passe sa jeunesse en Normandie puis revient dans le sud en 1980. C'est au lycée Saint Genès à Bordeaux et y rencontre les futurs membres du groupe.
Le 1er groupe s'appelle « psychoz[sic] ». Il répète avec ses amis en amateur entre 1981 et 1984. Comme il ne joue d'aucun instrument, il se met à chanter dans le groupe. Il forme ensuite le groupe Noirs Désirs en 1987, ultérieurement renommé au singulier Noir Désir, après de longues discussions avec Barclay.
Il s'arrête de chanter en 1989 lorsqu'il tombe en syncope sur scène lors d'un concert à Besançon. Et se fait opérer en 1994 après la tournée de Tostaky, pour un problème de cordes vocales.
Personnage doté d'une forte personnalité, il profite avec son groupe de leur notoriété pour s'exprimer sur de grandes causes, notamment lors d'un concert à Toulon en 1997.
Son groupe reçoit la Victoire de la musique pour l'album rock de l'année et le clip de l'année le 9 mars 2002, Bertrand Cantat prend la parole pour s'insurger contre les manœuvres de leur société de production, Universal et son président, Jean-Marie Messier.
Le 27 juillet 2003, au cours d'une dispute conjugale, il porte plusieurs coups mortels sur Marie Trintignant, qui décèdera de ses blessures le 1er août 2003. L'acte ayant eu lieu en Lituanie à Vilnius, il est condamné par la justice de ce pays à huit ans de prison ferme le 29 mars 2004. Les deux parties font tout d'abord appel avant de retirer leur demande. Le jugement est donc définitif.
Les avocats de Bertrand Cantat ont déposé une demande de transfert du chanteur dans une prison française. Les autorités lituaniennes ont accédé à cette demande au mois d'août 2004. Le transfert s'est déroulé le mardi 28 septembre 2004 vers la prison de Muret, près de Toulouse. À noter que la maison de Bertrand Cantat dans les Landes a entièrement brûlé le 11 septembre 2003, un incendie dont les circonstances restent encore floues mais que beaucoup supposent lié à la mort de Marie Trintignant.
Depuis 2006, ND Musique (société de production créée par Bertrand Cantat et les autres membres de Noir Désir) lance un nouveau festival de musique et de rencontre citoyenne : Les Rendez-vous de Terres Neuves.